Sherkhan

А теперь вопрос(респа 2018) *для каждого вопроса заполнить таблицу и нарисовать древо с дистанциями(используем UPGMA) Приведенный пример:так как здесь различие A с B только в цвете головы, находим кол-во различий(1)/кол-во признаков(7, но здесь сказано взять 10)=1/10=0.1

Метод попарного внутригруппового невзвешенного среднего (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, UPGMA) считается одним из самых простых. В нынешнем виде метод был представлен в работе Sneath и Sokal 1973 года. Первоначально использование в филогенетике связано с построением фенограмм по морфологическим признакам. Необходимым условием использования метода является постоянная скорость эволюции исследуемых нуклеотидных последовательностей. При неравномерной скорости эволюции последовательностей (несоответствие модели молекулярных часов) метод UPGMA может приводит к ошибкам в топологии дерева. Алгоритм На первом этапе в матрице дистанций находят два таксона с наименьшим значением дистанции. Эти два таксона объединяются в один кластер (или составной таксон). Поскольку в рамках данного метода принимается равномерность скорости молекулярной эволюции, то точка ветвления (дивергенции) находится на половине от генетической дистанции между двумя этими таксонами. В дальнейшем этот кластер из двух таксонов считается единым целым. Матрица дистанций пересчитывается, при этом принимается, что расстояние между составным таксоном и остальными таксонами равно: duk = (du1k+du2k)/2 где d — генетическая дистанция, u — композитная последовательность, u1 и u2 — элементы композитной последовательности, k — таксоны не входящие в композитную последовательность Затем снова выбираются два таксона имеющие наименьшую генетическую дистанцию, объединяются в кластер и строится новая матрица дистанций и так далее(from wiki) Коротко: это метод выявления относительных дистанции на основании отличительных данных между видами и постройки филогенетического древа. Как находим: сперва находим в таблице виды с наименьшим различием(внизу это виды B и F). Начинаем рисовать древо: пишем эти два вида и соединяем, расстояние будет различие/2 т.е. по 0.5. Теперь рисуем новую таблицу, BF пишем как один клад, а различия этого клада с другими(например, с A), пишем как средн. арифметическое вида А с каждым из клада BF(в нашем случае A с B=19, A с F=18, среднее (19+18)/2=18.5, это число пишем в нашей новой таблице). Так делаем с каждым видом с BF. Так, теперь находим следующее наименьшее(это А и Д), рисуем в другой части, пишем расстояния(8/2= по 4). И так далее пока не окажется один большой клад с одним видом. P.s. различие клад с кладом(например, BF с AD)находим аналогичным образом, сперва находим варианты(BF с A=18.5 BF с D=17.5, которые мы нашли в новой таблице, среднее (18.5+17.5)/2=18)