-
Announcements
-
Любимцы 06/09/2018
Предлагаю каждому участнику написать в теме "Флуд, кровь. интриги" о своем любимом разделе в биологии. Вы поделитесь о своем, а нам материал для улучшения сайта -
Новинка 07/06/2019
Подискутируйте на биологический топик. Кто знает чья идея станет наиболее реалистичной? Кликни на это объявление.
-
-
Content count
15 -
Joined
-
Last visited
-
Days Won
1
Sherkhan last won the day on August 21
Sherkhan had the most liked content!
Личная информация
-
Пол
Мужской
-
Школа
Шымкент (CB)
-
Класс
11
-
Sherkhan started following Toronto Biology Competition 2016, Олимпиада 08.09.2019 and Toronto Biology Competition 2017
-
-
-
-
Sherkhan changed their profile photo
-
А теперь вопрос(респа 2018) *для каждого вопроса заполнить таблицу и нарисовать древо с дистанциями(используем UPGMA) Приведенный пример:так как здесь различие A с B только в цвете головы, находим кол-во различий(1)/кол-во признаков(7, но здесь сказано взять 10)=1/10=0.1
- 1 reply
-
- филогенетическое
- древо
-
(and 2 more)
Tagged with:
-
-
Метод попарного внутригруппового невзвешенного среднего (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, UPGMA) считается одним из самых простых. В нынешнем виде метод был представлен в работе Sneath и Sokal 1973 года. Первоначально использование в филогенетике связано с построением фенограмм по морфологическим признакам. Необходимым условием использования метода является постоянная скорость эволюции исследуемых нуклеотидных последовательностей. При неравномерной скорости эволюции последовательностей (несоответствие модели молекулярных часов) метод UPGMA может приводит к ошибкам в топологии дерева. Алгоритм На первом этапе в матрице дистанций находят два таксона с наименьшим значением дистанции. Эти два таксона объединяются в один кластер (или составной таксон). Поскольку в рамках данного метода принимается равномерность скорости молекулярной эволюции, то точка ветвления (дивергенции) находится на половине от генетической дистанции между двумя этими таксонами. В дальнейшем этот кластер из двух таксонов считается единым целым. Матрица дистанций пересчитывается, при этом принимается, что расстояние между составным таксоном и остальными таксонами равно: duk = (du1k+du2k)/2 где d — генетическая дистанция, u — композитная последовательность, u1 и u2 — элементы композитной последовательности, k — таксоны не входящие в композитную последовательность Затем снова выбираются два таксона имеющие наименьшую генетическую дистанцию, объединяются в кластер и строится новая матрица дистанций и так далее(from wiki) Коротко: это метод выявления относительных дистанции на основании отличительных данных между видами и постройки филогенетического древа. Как находим: сперва находим в таблице виды с наименьшим различием(внизу это виды B и F). Начинаем рисовать древо: пишем эти два вида и соединяем, расстояние будет различие/2 т.е. по 0.5. Теперь рисуем новую таблицу, BF пишем как один клад, а различия этого клада с другими(например, с A), пишем как средн. арифметическое вида А с каждым из клада BF(в нашем случае A с B=19, A с F=18, среднее (19+18)/2=18.5, это число пишем в нашей новой таблице). Так делаем с каждым видом с BF. Так, теперь находим следующее наименьшее(это А и Д), рисуем в другой части, пишем расстояния(8/2= по 4). И так далее пока не окажется один большой клад с одним видом. P.s. различие клад с кладом(например, BF с AD)находим аналогичным образом, сперва находим варианты(BF с A=18.5 BF с D=17.5, которые мы нашли в новой таблице, среднее (18.5+17.5)/2=18)
- 1 reply
-
- филогенетическое
- древо
-
(and 2 more)
Tagged with: