Jump to content
  • Announcements

    • Муратов Ерасыл

      Любимцы   06/09/2018

      Предлагаю каждому участнику написать в теме "Флуд, кровь. интриги" о своем любимом разделе в биологии. Вы поделитесь о своем, а нам материал для улучшения сайта
    • Муратов Ерасыл

      Новинка   07/06/2019

      Подискутируйте на биологический топик. Кто знает чья идея станет наиболее реалистичной? Кликни на это объявление.  

Sherkhan

Модератор
  • Content count

    15
  • Joined

  • Last visited

  • Days Won

    1

Sherkhan last won the day on August 21

Sherkhan had the most liked content!

Личная информация

  • Пол
    Мужской
  • Школа
    Шымкент (CB)
  • Класс
    11
  1. Version 1.0.0

    16 downloads

    Отлично для закрепления Campbell'a, так как вопросы в основном из него.
  2. Version 1.0.0

    2 downloads

    Отлично для закрепления Campbell'a, так как вопросы в основном из него.
  3. Version 1.0.0

    3 downloads

    Олимпиада для закрепления Campbell'а, так как вопросы в основном из этой книги.
  4. UPGMA

    А теперь вопрос(респа 2018) *для каждого вопроса заполнить таблицу и нарисовать древо с дистанциями(используем UPGMA) Приведенный пример:так как здесь различие A с B только в цвете головы, находим кол-во различий(1)/кол-во признаков(7, но здесь сказано взять 10)=1/10=0.1
  5. UPGMA

    Метод попарного внутригруппового невзвешенного среднего (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, UPGMA) считается одним из самых простых. В нынешнем виде метод был представлен в работе Sneath и Sokal 1973 года. Первоначально использование в филогенетике связано с построением фенограмм по морфологическим признакам. Необходимым условием использования метода является постоянная скорость эволюции исследуемых нуклеотидных последовательностей. При неравномерной скорости эволюции последовательностей (несоответствие модели молекулярных часов) метод UPGMA может приводит к ошибкам в топологии дерева. Алгоритм На первом этапе в матрице дистанций находят два таксона с наименьшим значением дистанции. Эти два таксона объединяются в один кластер (или составной таксон). Поскольку в рамках данного метода принимается равномерность скорости молекулярной эволюции, то точка ветвления (дивергенции) находится на половине от генетической дистанции между двумя этими таксонами. В дальнейшем этот кластер из двух таксонов считается единым целым. Матрица дистанций пересчитывается, при этом принимается, что расстояние между составным таксоном и остальными таксонами равно: duk = (du1k+du2k)/2 где d — генетическая дистанция, u — композитная последовательность, u1 и u2 — элементы композитной последовательности, k — таксоны не входящие в композитную последовательность Затем снова выбираются два таксона имеющие наименьшую генетическую дистанцию, объединяются в кластер и строится новая матрица дистанций и так далее(from wiki) Коротко: это метод выявления относительных дистанции на основании отличительных данных между видами и постройки филогенетического древа. Как находим: сперва находим в таблице виды с наименьшим различием(внизу это виды B и F). Начинаем рисовать древо: пишем эти два вида и соединяем, расстояние будет различие/2 т.е. по 0.5. Теперь рисуем новую таблицу, BF пишем как один клад, а различия этого клада с другими(например, с A), пишем как средн. арифметическое вида А с каждым из клада BF(в нашем случае A с B=19, A с F=18, среднее (19+18)/2=18.5, это число пишем в нашей новой таблице). Так делаем с каждым видом с BF. Так, теперь находим следующее наименьшее(это А и Д), рисуем в другой части, пишем расстояния(8/2= по 4). И так далее пока не окажется один большой клад с одним видом. P.s. различие клад с кладом(например, BF с AD)находим аналогичным образом, сперва находим варианты(BF с A=18.5 BF с D=17.5, которые мы нашли в новой таблице, среднее (18.5+17.5)/2=18)
  6. Version 1.0.0

    52 downloads

    2 тур включает рисунки, таблицы, графы, задачи.
  7. Version 1.0.0

    28 downloads

    1 тур представлен в виде теста, 2 тур в виде тестов, иллюстрации, таблицы, графиков, задач
  8. Version 1.0.0

    47 downloads

    1 тур:тест, 2 тур:таблицы, рисунки, задачи
  9. Version 1.0.0

    26 downloads

    1 тур представлен в виде теста, 2 тур в виде иллюстрации, таблицы, графиков, задач
×