Jump to content
  • Announcements

    • BIODINO

      Как добавить вопрос на форум?   06/01/2018

      В форуме вы можете размещать свои вопросы другим ученикам и олимпиадникам .Для этого следуйте приложенной инструкции.Не забудьте что вопросы должны соответствовать сфере и предмету.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              Инструкция для добавления  вопроса 1.Выберите Лигу и раздел биологии,к которым относится ваш вопрос.  2.Нажмите на кнопку "Задать вопрос" 3.Спрашивайте!                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
    • Муратов Ерасыл

      Любимцы   06/09/2018

      Предлагаю каждому участнику написать в теме "Флуд, кровь. интриги" о своем любимом разделе в биологии. Вы поделитесь о своем, а нам материал для улучшения сайта
    • Муратов Ерасыл

      Новинка   07/06/2019

      Подискутируйте на биологический топик. Кто знает чья идея станет наиболее реалистичной? Кликни на это объявление.  

Recommended Posts

Метод попарного внутригруппового невзвешенного среднего (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean, UPGMA) считается одним из самых простых. В нынешнем виде метод был представлен в работе Sneath и Sokal 1973 года. Первоначально использование в филогенетике связано с построением фенограмм по морфологическим признакам. Необходимым условием использования метода является постоянная скорость эволюции исследуемых нуклеотидных последовательностей. При неравномерной скорости эволюции последовательностей (несоответствие модели молекулярных часов) метод UPGMA может приводит к ошибкам в топологии дерева.

Алгоритм

На первом этапе в матрице дистанций находят два таксона с наименьшим значением дистанции. Эти два таксона объединяются в один кластер (или составной таксон). Поскольку в рамках данного метода принимается равномерность скорости молекулярной эволюции, то точка ветвления (дивергенции) находится на половине от генетической дистанции между двумя этими таксонами. В дальнейшем этот кластер из двух таксонов считается единым целым. Матрица дистанций пересчитывается, при этом принимается, что расстояние между составным таксоном и остальными таксонами равно:

duk = (du1k+du2k)/2 
где d — генетическая дистанция, u — композитная последовательность, u1 и u2 — элементы композитной последовательности, k — таксоны не входящие в композитную последовательность

Затем снова выбираются два таксона имеющие наименьшую генетическую дистанцию, объединяются в кластер и строится новая матрица дистанций и так далее(from wiki)

Коротко: это метод выявления относительных дистанции на основании отличительных данных между видами и постройки филогенетического древа.

Как находим: сперва находим в таблице виды с наименьшим различием(внизу это виды B и F). Начинаем рисовать древо: пишем эти два вида и соединяем, расстояние будет различие/2 т.е. по 0.5. Теперь рисуем новую таблицу, BF пишем как один клад, а различия этого клада с другими(например, с A), пишем как средн. арифметическое вида А с каждым из клада BF(в нашем случае A с B=19, A с F=18, среднее (19+18)/2=18.5, это число пишем в нашей новой таблице). Так делаем с каждым видом с BF. Так, теперь находим следующее наименьшее(это А и Д), рисуем в другой части, пишем расстояния(8/2= по 4). И так далее пока не окажется один большой клад с одним видом.

P.s. различие клад с кладом(например, BF с AD)находим аналогичным образом, сперва находим варианты(BF с A=18.5 BF с D=17.5, которые мы нашли в новой таблице, среднее (18.5+17.5)/2=18)

2019-08-20 20.20.01.png

Share this post


Link to post
Share on other sites

А теперь вопрос(респа 2018)

*для каждого вопроса заполнить таблицу и нарисовать древо с дистанциями(используем UPGMA)

Приведенный пример:так как здесь различие A с B только в цвете головы, находим кол-во различий(1)/кол-во признаков(7, но здесь сказано взять 10)=1/10=0.1

17.03.18 22_54 Office Lens-1.jpg

Screenshot_2019-08-20-20-08-33-1.png

17.03.18 22_54 Office Lens (1)-1.jpg

Screenshot_2019-08-20-20-09-11-1.png

Share this post


Link to post
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now

×